El primer Director fue Eduardo Holmberg, quien fue designado en 1888 y permanecería en su función durante 15 años. Holmberg fue el encargado de proyectar la ubicación de los diferentes parques, lagos y avenidas, y comenzar con la exhibición que en ese entonces contaba con 650 animales. En esa época los zoológicos no tenían las funciones que poseen en la actualidad ya que su función era simplemente la de un paseo recreativo, por lo que el predio contaba con muy poco espacio para los animales y mucho para la recreación de los visitantes. La arquitectura de los edificios donde eran exhibidos los animales respondía al país de orígen de los mismos, es por esta razón que fue declarado Monumento Histórico.
En 1997 el conjunto edilicio paisajístico —ambiental y atístico— ornamental conformado por el jardín zoológico fue declarado monumento histórico nacional.