El Parque Nacional constituye una muestra representativa de la biodiversidad costera patagónica en buen estado de conservación, con sitios de valor paleontológico.

En el año 1996 se propuso como proyecto la inclusión de Monte León en el sistema de Parques Nacionales de Argentina. Y el 20 de Octubre de 2004 se sancionó la ley que lo crea como nuevo Parque Nacional, convirtiéndolo en el primer parque marino continental de nuestro país.
El motivo fundamental de su creación se basa en el hecho de que constituye una muestra representativa de la biodiversidad costera patagónica en buen estado de conservación, con sitios de valor paleontológico. En esta región se encuentra una importante colonia de pingüinos Magallanes, compuesta por 60.000 individuos. Es la cuarta colonia en importancia del país.