En cuanto a flora y fauna se refiere, el Parque Nacional es hogar de innumerables especies.
Los biomas (espacio físico ideal para un determinado tipo de vida) están representados en los ambientes lacustres, bosques subantárticos, la estepa y altas cumbres.
Las especies que podemos encontrar en los ríos, lagos y arroyos son la Perca (autóctono), el Epuyén (autóctono), el Pejerrey patagónico (autóctono), las truchas Arco Iris, Marrón y Fontinalis y el Salmón (introducidos).
En los bosques subantárticos podemos hallar una importante cantidad de especies de árboles nativos como el Coihue y el Ciprés, el Maitén y el Radal, en zonas más mallinosas (con mucho agua) el Arrayán y la Patagua.
El Parque y la Reserva Nacional Nahuel Huapi tienen, en conjunto, una extensión total de aproximadamente 750.000 ha. En esta area se protege una muestra representativa de los ambientes naturales de la región andina del norte de la Patagonia; provee oportunidades para la recreación y el turismo, y constituye un verdadero laboratorio natural para la investigación científica.