La idea de la creación de un acuario en Ushuaia surgió de un grupo de investigadores del Centro de Biología Marina de Tierra del Fuego, interesados en difundir el conocimiento de la vida marina en los ecosistemas subantárticos. Pero a su vez, el objetivo se extendió hacia la investigación y el trabajo de campo para lograr un proceso de repoblación de especies, principalmente las que por su explotación comercial se encuentran en mayor peligro.

Lo más difícil fue conseguir el lugar que terminó siendo, paradójicamente, el que había ocupado una planta de procesamiento de centolla y mariscos.

Después de reciclar las instalaciones de la antigua pesquera, un equipo multidisciplinario de biólogos, ingenieros y asesores en seguridad diseñaron el acuario que recrea las condiciones de vida subantárticas. En la actualidad, los pescadores artesanales y los grupos de buceo contribuyen con el crecimiento de la población del acuario, aportando ejemplares que capturan en su actividad diaria.